任何一个管理系统的建立首先需要一个好的管理流程，样板管理系统也不例外。一般应将实验样本的管理分为取材、贴标、入库、信息录入等步骤，通过流程制定和信息系统的辅助有机结合将样本有效的管理起来。一般而言，样本信息包括样本主体信息、样本本体信息，以及样本实验衍生物信息等。
在智能管理系统中，以上样本信息均可以通过文件导入或与其他系统接口获取，相较于人工获取方式，即提高了效率也提高了准确性。同时系统可以针对不同样本的收集制定不同的收集标准流程、质量标准、存储标准，以满足不同的样本管理、使用要求，也可以制定一套可以通用的标准简化流程。
样本入库部分工作，可以分为信息入库和实体入库两个方面。智能管理系统根据编码规则自动打印样本编号、定位编号，收样人员将样本存放至定位编码指定位置即完成实体入库；而信息入库是将两个编号使用条码扫描设备录入信息系统内，方便在使用的时候通过信息系统进行查询，提高样本使用效率。
智能管理系统在样本管理工作中的另一大优势，是将样本信息服务器部署在实验室内网中，通过网络可以连接到样本库，对样本实体入库信息进行管理，方便管理人员处理样本信息，提高样本信息完整度，提高整个样本库的质量。